CN氰基色譜柱是同時可以用于正相和反相條件的一種色譜柱。但正相溶劑和反相溶劑是不互溶的，這一點不能忽略。對于新購柱子，首先請了解柱子的保存溶劑。如果保存溶劑與你將要使用的流動相極性不同不會互溶，請先用異丙醇過渡。過渡過程中注意因異丙醇粘度較大，會導致柱壓很高，適當調低流速。如果流動相中還有緩沖鹽類，先用不含緩沖鹽的同比例流動相過渡，避免緩沖鹽的析出。 
標準溶液：乙苯（或甲苯）＋苯甲酸甲酯
檢測波長254nm適用于新購柱子（新購柱子往往保存在正相溶劑中）時即進行檢測，如有問題，可及時與供應商溝通。
CN氰基色譜柱清洗方法
（1）平時在正相條件下使用：
首先用50倍柱體積的異丙醇清洗，因異丙醇粘度較大需適當放低流速；之后，用50倍的甲醇清洗；之后，用異丙醇過渡回到平常使用的正相流動相，即可。
（2）平時在反相條件下使用：
緩沖鹽應及時沖洗，不能直接用純甲醇沖洗緩沖鹽等，屬常識就不作特別交待。
